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影响次氯酸钠消毒作用的因素主要有pH值，消毒剂的浓度、在水中的分布状态及接触时间，被消毒水体的性质以及温度。

pH值对次氯酸钠杀菌作用影响最大。次氯酸钠的杀菌作用主要依赖于溶液中未分解的次氯酸浓度，而HClO与ClO^-相对比例主要取决于pH值，溶液pH值愈低，则未分解的次氯酸愈多，随着pH值上升，愈来愈多的次氯酸分解成氢与次氯酸根离子，当pH值＞10时，OCl^-接近100%，当pH值＜5时， HOCl接近100%。当pH值=7.54时， HOCl和OCl^-比例相当。

消毒剂的浓度、在水中的分布状态及接触时间，消毒剂的浓度越高，与微生物接触时间越长，总体灭活效率越高。其他条件不变，某种消毒剂对某一种微生物的灭活程度与消毒剂的浓度和接触时间成正比。常将CT值作为消毒系统设计和运行的控制指标，如，根据水质标准游离氯消毒时，出厂水余氯浓度0.3mg/L，接触时间30分钟，则设计的CT值为9min.mg/L。消毒接触池的设计应使消毒剂与水迅速混合均匀。

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